علی خامنه ای رهبر جمهوری اسلامی به نمایندگان مجلس شورای اسلامی در خصوص تعرض به دولت هشدار داد و گفت: "نباید به اسم استقلال مجلس، درباره هر مسئله ای به دولت متعرض شد."
این هشدار خامنه ای در دیدار روز چهارشنبه 13-6-2012 او با نمایندگان دور جدید مجلس شورای اسلامی مطرح شده است.
بنا بر گزارش منابع خبری ایران، رهبر ایران در این دیدار استقلال مجلس را مسئله ای بسیار مهم و از نشانه های سلامت نهاد قانونگذاری دانست و گفت: "در همه دولتهای گذشته و همه دوره های مجلس این تذکر داده شده است که نباید به اسم استقلال مجلس، درباره هر مسئله ای به دولت متعرض شد، مجلس اگر نظر مخالفی دارد می تواند با پرهیز از این گونه برخوردهای غیرمفید، در آن زمینه، قانون بگذارند."
دور گذشته مجلس شورای اسلامی، شاهد تنش های بسیاری میان بخش وسیعی از نمایندگان و دولت بود. شماری از نمایندگان اصولگرا سخنان تندی علیه برخی از شخصیت های دولتی در صحن علنی مطرح کردند. در دوره گذشته همچنین محمود احمدی نژاد رئیس جمهوری اسلامی ایران مورد سوال نمایندگان قرار گرفت. مساله اختلاس از نظام بانکی ایران که در آن شماری از مسئولان دولتی متهم شده اند، از دیگر موارد اختلاف میان مجلس و دولت بود.
آیت الله خامنه ای همچنین "پرهیز از تعرض به آبروی دیگران" را از دیگر مسائلی دانست که نمایندگان باید از آن پرهیز کنند.
او در این باره گفت: "متوجه باشید كه شما از پشت بلندگویی ملی حرف می زنید و لازم است از تعرض به آبروی دیگران، بیان اتهاماتی كه ثابت نشده است و طرح مسائل خصوصی افراد به شدت پرهیز كنید."
خامنه ای همچنین به صراحت "هیاهو و جنجال برخی نمایندگان هنگام حرف زدن دیگر نمایندگان و یا مسئولان دولتی" را مورد انتقاد قرار داد.