اوجالان در تمامی مدتی که در زندان به سر برده است تلاش نموده است تا خلق کورد و ترک را در ترکیه از جنگ دور نماید. در تمامی پیام‌های خود وی گفته است که من برای صلح اجتماعی و صلح بین خلق‌ها مبارزه می‌کنم.
نیروهای بین‌المللی، رهبر خلق کورد، عبدالله اوجالان را در ۹ اکتبر ۱۹۹۸ از سوریه وادار به خروج کردند. در ۱۵ فوریه نیز وی را به ترکیه تحویل دادند. در تمامی مدتی که در زندان به سر برده است، وی تلاش نموده است تا خلق کورد و ترک را در ترکیه از جنگ دور نماید. در تمامی پیام‌های خود وی گفته است که من برای صلح اجتماعی و صلح بین خلق‌ها مبارزه می‌کنم. از دولت درخواست نموده است که برای حل دمکراتیک مسئله کورد، با کوردها به مذاکره بپردازد و خود وی نیز بدین منظور اعلام آمادگی کرده است. در تمام این مدت تلاش کرده است که کوردها با راهکارهای سیاست دمکراتیک، به حل مسئله بپردازند. تلاش نمود تا درهای دمکراتیک اروپا را به سوی این مسئله بگشاید. اما تمامی درها بک به یک بروی بسته شدند و سرانجام اوجالان در زندان امرالی به بند کشیده شد.
در امرالی، امنیتی‌ترین زندان ترکیه که در گروه زندانهای F قرار دارد، هم اکنون سیستم انزوای کامل برقرار شده است و این زندان از طریق قوانین ویژه اداره می‌شود. اوجالان ۲۱ سال است که تنها در زندان امرالی در یک سلول زندانی شده است. در ۳۱ مه ۱۹۹۹ وی در جزیره امرالی در دادگاهی ویژه، از سوی دادگاه امنیت دولتی شماره ۲ آنکارا، در قفسی شیشه‌ای محاکمه شد. اوجالان در این دادگاه تز جمهوری دمکراتیک را مطرح کرده و در دفاعیات خود در رابطه با ایجاد یک جمهوری دمکراتیک تاکید نمود.
جلسات محاکمه اوجالان ۹ بار برگزار شدند. آخرین جلسه محاکمه در ۲۹ ژوئن ۱۹۹۹ برگزار شد. طبق قانون مجازات ترکیه، وی به اتهام خیانت به کشور، طبق ماده ۱۲۵ به مرگ محکوم و دادگاه وی را به اعدام محکوم کرد. اعلام حکم اوجالان در ۲۹ ژوئن با سالگرد بدار کشیدن شیخ سعید پیران مصادف بود.
اوجالان در ۲ اگوست از طریق وکلای خود از حزب کارگران کوردستان درخواست نمود که نیروهای مسلح خود را از ترکیه خارج کنند. با این فراخوان، حزب کارگران کوردستان از اول سپتامبر برای چهارمین بار به شیوه‌ای یک‌طرفه اعلان آتش‌بس نمود و نیروهای خود را از مرزهای ترکیه خارج نمود. اوجالان همزمان از اروپا و کوه‌های کوردستان درخواست نمود که گروههای صلح را به ترکیه اعزام دارند. براساس فراخوان اوجالان، حزب کارگران کوردستان گروهی را از کوهستان و گروهی دیگر را از اروپا در قالب گروه صلح به ترکیه اعزام نمود. اما بعد از مدتی، اعضای تیم صلح دستگیر و به زندان فرستاده شدند. همزمان با اعلان آتش بس پ.ک.ک، نیروهای مسلح ترکیه همچنان به حملات خود ادامه دادند.
بعد از آن ترکیه بر مبنای قوانین ورود به اتحادیه اروپا، مجازات اعدام را لغو و حکم اوجالان به زندان ابد تغییر یافت. حزب ملیگرای م.ه.پ نیز که بخشی از ائتلاف دولتی بود تغییر حکم را امضا نموده بود. دولتی که حکم اعدام اوجالان را اجرا نکرد، وی را در جزیره امرالی به سلول انفرادی منتقل کرده و تحت تدابیر شدید امنیتی، ایزوله کرده و از این طریق وی تحت انزوایی مطلق قرار گرفت. در مقاطعی، چندین سال وی موفق به دیدار با اعضای خانواده خود نشده بود. اما اوجالان همواره برای صلح و دمکراتیک شدن ترکیه و خاورمیانه تلاش نموده بود. وی در تمام این مدت برای صلح، دمکراسی و ثبات خلق‌ها به تلاش‌هایی جدی دست زده و پیشنهاداتی را بر مبنای دمکراسی برای راه حل مسئله کورد ارائه کرد. اوجالان در این مدت بیش از پیش تز جمهوری دمکراتیک را مطرح نمود.
ائتلاف DSP-ANAP-MHP بعد از دستگیری اوجالان و خاتمه محاکمه وی فروپاشید. در سال ۲۰۰۲ حزب عدالت و توسعه قدرت را به دست گرفت. اوجالان دوباره به منظور دست‌یابی به راه‌حل تلاشهای خود را افزایش داد. در ۱۵ اگوست سال ۲۰۰۹ وی به منظور حل مسئله کورد، نقشه راه خود را که مرکب از ۱۵۶ صفحه بود آماده کرد. اما حاکمیت آ.ک.پ این نقشه راه را مصادره کرده و تا مدتی بعد آن را به وکلا نداد. آ.ک.پ مجددا انزوای مطلق را بر وی تحمیل نموده و به وسیله افراد وابسته به فتح الله گولن، فشار و دستگیری سیاستمداران کورد ادامه یافت. سیاستمداران کورد در عملیات گسترده‌ای که علیه ک.ج.ک صورت گرفت؛ دستگیر و زندانی شدند. هزاران کورد دستگیر و محاکمه شدند. اوجالان ماه‌ها و سال‌ها نتوانست با وکلا و خانواده خود دیدار داشته باشد. در ۲۱ سپتامبر ۲۰۱۲ زندانیان پ.ک.ک و پاژک علیه انزوای وی و کاربرد زبان مادری در زندان‌ها دست به اعتصاب غذا زدند. این اعتصاب به مدت ۶۸ روز ادامه پیدا کرد. هر هفته شمار کسانی که به این اعتصاب می‌پیوستند افزایش یافته و در نهایت هزاران زندانی به اعتصاب غذا پیوستند. سپس اوجالان با ارسال پیامی از اعتصاب کنندگان خواست که به اعتصاب خود پایان دهند. بعد از این رویداد مسیر گفتگوها باز شد. هیات نخست در سوم ژانویه ۲۰۱۳ عازم امرالی شدند. ورود این هیات به امرالی مقدمه‌ای برای شروع پروژه راه حل شد. اما در ۹ ژانویه ۲۰۱۳ در فرانسه ۳ سیاستمدار زن- کورد و دیپلمات در جریان تروری که از سوی دولت ترکیه سازماندهی شده بود به قتل رسیدند. در ۲۸ فوریه ۲۰۱۵ تفاهمنامه دلما باغچه امضا شد. اما رئیس آ.ک.پ، اردوغان و حکومت وی بعد از آخرین دیدار، در ۵ آوریل به این پروژه خاتمه دادند. اردوغان اظهار داشت که چیزی به اسم میز مذاکره را به رسمیت نمی‌شناسد.
دولت ترکیه در چارچوب تحمیل سیاست انزوای مطلق بر اوجالان از ملاقات وی با موکلانش از ٢٧ ژوئیه ٢٠١١ تا مه ٢٠١٩ جلوگیری کرد. ٢ ماه مه ٢٠١٩ حصر اوجلان به دنبال اعتصاب غذای ٢٠٠ روزه هزاران زندانی سیاسی کورد و فعالان مدنی در داخل و خارج از کوردستان شکسته شد و وکلای اوجلان پس از ٨١٠ بار درخواست موفق شدند با ایشان ملاقات کنند. رهبر خلق کورد عبدالله اوجالان در این ملاقات بیانیه‌ای را با امضای خود و سه زندانی سیاسی دیگر کورد که در جزیره امرالی بسر می‌برند به وکلای خود سپرد. اوجالان و سه سیاستمدار دیگر محبوس در زندان امرالی در این بیانیه اظهار کرده بودند:" این فرایند تاریخی نیازمند توافق اجتماعی است. حل مسائل نیاز عمیقی به راهکار مبتنی بر داد و سند دمکراتیک دارد که باید به دور فرهنگ دشمنی و جنگ باشد. ما می‌توانیم مشکلات ترکیه و منطقه را نه از طرق جنگ و ابزارهای خشونت فیزیکی، بلکه از طریق قدرت نرم، یعنی نیروی عقل، سیاست و فرهنگ حل نماییم."
دولت ترکیه در پاسخ به این درخواست مرحله تازه‌ای از حصر شدید را از ٧ آگوست ٢٠١٩ بر رهبر خلق کورد و سه زندانی سیاسی دیگر امرالی تحمیل کرد که تا به امروز همچنان ادامه دارد.
