نخستین اقدام روسای جمهور پس از تعیین کابینه‌ ، معمولا گزینش استانداران به‌ عنوان مسئولان رسمی دولت در استانهای کشور است. درحالیکه‌ 3 ماه از روی کار آمدن دولت جدید ایران می‌گذرد، اما هنوز بیش از نیمی از استانداران منصوب نشده‌ و چند وزارتخانه‌ هم بدون وزیر باقی مانده‌ اند. 

به گزارش استان بان حسن روحانی که از سه ماه پیش هدایت دولت یازدهم را در اختیار گرفته٬ در انتخابات استانداران به کندی و با ملاحظات سیاسی بسیاری عمل کرده است.این موضوع با انتقادهای فراوانی روبرو شده‌ که‌ حملات محافظه‌ کاران تندرو را درپی داشته‌ است.

درحالیکه‌ هاشمی رفسنجانی به این روند انتقاد کرده‌ و آن را به‌ صلاح دولت فعلی و مردم نمی‌داند، روزنامه‌ کیهان نیز منتقد جابجائیها و تغییرات زیاد در مدیریت اجرایی کشور است و نوشته‌ که‌ هاشمی قصد دخالت در امور دولت را دارد و روحانی باید مانع این کار شود.

براساس قانونی نانوشته‌ که‌ از دولت نخستین هاشمی رفسنجانی بدعت گذاشته‌ شد، برخی وزرا از جمله‌ وزیر کشور با نظر مستقیم رهبر جمهوری اسلامی گزینش شده‌ اند که‌ این امر در نهایت منجر به‌ عدم هماهنگی در انتخاب استانداران می‌شود.

اکنون نیز سایت استان بان از اختلاف حسن روحانی با محمد فضلی وزیر کشور و نمایندگان ولی فقیه‌ در استانها به‌ عنوان عآمل کندی روند انتخاب استانداران خبر داده‌ است.

 این در حالیست که‌ اعمال نفوذ جناحهای قدرت مانع از انتخاب چند وزیر، از جمله‌ برای وزارت علوم شده‌ است.

جعفر توفیقی سرپرست وزارت علوم با حضور در کمیسیون آموزش و تحقیقات در تلاش بوده‌ تا این کمیسیون را با خود همراه کند، اما به‌ گفته‌ عباس مقتدایی او نتوانسته‌ رأی اعضای کمیسیون را بدست آورد. 

به گفته‌ این عضو کمیسیون آموزش و تحقیقات در جلسه‌ مباحث زیادی پیرامون علکرد چند هفته‌ ای توفیقی صورت گرفته‌ ، اما گویا دغدغه‌ اصلی نمایندگان کمیسیون، به گفته‌ وی  موضع‌گیری ، سوابق سیاسی و فعالیتهای توفیقی در حوادث فتنه 88  و بعد از آن بوده‌ است.

او می‌گوید کمیسیون، دفاع توفیقی درباره فتنه را نپذیرفت.