علت دستگیری پروفسور فینجانجی، درخواست او برای انجام تحقیقات مستقل درباره استفاده ارتش ترکیه از سلاح‌های شیمیایی علیه نیروهای گریلا در باشور کوردستان بود.

پروفسور فینجانجی بعد از این اظهارات، و بدلیل اینکه واقعیت استفاده ارتش ترکیه از سلاح‌های شیمیایی و ممنوعه به بحث روز مبدل نگردد، بلافاصله از سوی پلیس ترکیه بازداشت شد و بازجویی از وی ادامه دارد.

با اینکه مدتی از بازداشت وی سپری شده، تحقیقات جدیدی در مورد پرفسور شبنم کورور فینجانجی و سایر اعضای اتحادیه آغاز شده است که طی آن دادستانی آنکارا، فنجانجی و چند تن دیگر از همکارانش را به «تهمت‌زنی» علیه ارتش و «عضویت در یک گروه تروریستی» متهم کرد و خواستار برکناری او از سمت ریاست اتحادیه پزشکان ترکیه شد.

شایان ذکر است که دادستان در مورد پرونده‌ی فینجانجی تصمیم مخفیانه‌بودن را اتخاذ کرده است.