در پی مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی، علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی در طی حکمی علی‌اکبر ولایتی را به‌عنوان رییس هیأت موسس دانشگاه آزاد اسلامی منصوب کرد

رفسنجانی در سال ۱۳۶۳ یعنی دو سال پس از "انقلاب فرهنگی" در ایران، پیشنهاد تأسیس دانشگاه آزاد اسلامی را به آیت‌الله خمینی رهبر وقت جمهوری اسلامی داد که از آن زمان مرگش، این نهاد تحت نفوذ وی بوده است. خامنه‌ای همواره دانشگاه‌ها را به عنوان تهدیدی برعلیه نظام دانسته و  سعی در "اسلامی نمودن دانشگاه‌ها" کرده است.

رهبر جمهوری اسلامی پس از رسیدن به قدرت، برای کاهش نفوذ جناج رقیب همیشه سعی داشته تا این دانشگاه را به‌عنوان یکی از مهمترین دانشگاه‌های ایران  تحت سلطه خود درآورد که ظاهراً با مرگ رفسنجانی، مقدمات این کار فراهم آمد.

خامنه‌ای در روز ۵ شنبه ۳۰ دیماه در طی حکمی علی‌اکبر ولایتی را به‌عنوان رییس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد اسلامی تعیین کرد. ولایتی همزمان مشاور خامنه‌ای در امور بین‌الملل نیز می‌باشد. در حکمی که خامنه‌ای برای تعیین ریاست هیأت مؤسس ابلاغ کرده است، صراحتاً گفته شده "چون اساسنامه دانشگاه آزاد در چگونگی انتخاب رییس هیأت مؤسس سکوت کرده است"، وی علی‌اکبر ولایتی را به‌عنوان رییس این هیأت منصوب می‌کند.

خامنه‌ای در حکم خود گفته است این تصمیم را به‌این دلیل گرفته که "هیچ‌گونه وقفه‌ای در تمشیت قانونی امور آن دانشگاه [بوجود نیاید]". با این حال هنوز هم عده‌ای تعیین رییس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد را، "حق شورای انقلاب فرهنگی" و یا "حق هیأت مؤسس [خود] دانشگاه آزاد" دانسته‌اند.

غصب دانشگاه آزاد اسلامی توسط نهاد رهبری در جمهوری اسلامی درحالی صورت می‌گیرد که خامنه‌ای، مسئولان سپاه و مسئولان حکومتی در ایران تاکنون بارها بر "کنترل دانشگاه‌ها" به بهانه مبارزه با "تهاجمات فرهنگی" و "جنگ نرم" تأکید کرده‌اند. خامنه‌ای اخیراً دستور داده بود تا "علوم انسانی" در دانشگاه‌های ایران محدود و "دروس اسلامی" جایگزین آن‌ها شوند.