جنگ ۱۲ روزه میان ایران و اسرائیل با تلفات انسانی گستردهای همراه بود. به گفته حسین کرمانپور، رئیس مرکز روابط عمومی وزارت بهداشت ایران، تا سوم تیر ۱۴۰۴، حملات اسرائیل جان ۶۱۰ ایرانی را گرفته و ۵۳۵۶ نفر را مجروح کرده است. این رقم شامل تمامی کشتهشدگان و مجروحان، بدون تفکیک نظامی و غیرنظامی است.
در همین حال، خبرگزاری هرانا که وابسته به مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران است، در گزارشی مستقل، آمار متفاوتی را منتشر کرد. بر اساس دادههایی که این نهاد از منابع مستقل و داوطلبان جمعآوری کرده، جنگ تاکنون ۱۰۵۴ کشته برجای گذاشته است؛ شامل ۴۱۷ غیرنظامی، ۳۱۸ نظامی و ۳۱۹ نفر با وضعیت نامشخص. همچنین ۴۴۷۶ نفر نیز مجروح شدهاند که از این میان ۲۰۷۲ غیرنظامی، ۲۵۶ نظامی و ۲۱۴۸ نفر با وضعیت نامشخص اعلام شدهاند.
وزارت بهداشت جمهوری اسلامی نیز آمار دقیقتری از وضعیت درمانی منتشر کرده است: ۹۷۱ نفر در بیمارستانها بستری، ۳۴۳۶ نفر درمان و مرخص شده و ۲۵۵ نفر نیز بهصورت سرپایی درمان شدهاند. تاکنون ۶۸۷ عمل جراحی صورت گرفته و دستکم ۲۵ نفر از کادر درمانی آسیب دیدهاند که ۵ تن از آنها جان خود را از دست دادهاند.
علاوه بر خسارات انسانی، زیرساختهای درمانی نیز متحمل آسیبهایی شدهاند: ۹ دستگاه آمبولانس، ۷ بیمارستان، ۶ پایگاه اورژانس و ۴ مرکز بهداشتی آسیب دیدهاند. بر اساس این آمار، ۱۸۵ نفر از مجروحین زن و ۶۵ نفر زیر ۲۰ سال بودهاند. ۱۳ کودک از جمله نوزادی دوماهه و دو مادر باردار در میان کشتهشدگان قرار دارند.
گزارشها از سوی منابع مستقل در اسرائیل نیز از حدود ۳۰ کشته و بیش از ۱۰۰۰ مجروح در آنسو حکایت دارد. با این حال، روایتهای ارائهشده توسط مقامات ایران و اسرائیل از میزان خسارات و تلفات همچنان با یکدیگر تفاوت دارند.